Es muy sencillo, imagina tu foto nocturna con un valor en dinero, digamos 10 Euros y 50 céntimos, donde los 10 Euros corresponden a la información buena y los 50 céntimos a los hot pixels y ampglow. Cuando haces una toma "dark" ésta sólo tiene el valor malo, que corresponde a los 50 céntimos.
Ahora con el photoshop le restas a tu imagen de luz, que vale 10,50 Euros la imagen "dark" que vale 0,50 Euros y el resultado es una imagen de valor 10,00 Euros, lo que has perdido son esos 0,50 euros malotes y te queda una imagen más limpia.
Es un ejemplo un poco tonto, pero no se me ocurre otro, espero que así te quede más claro

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Saludos,